מחלקת ההנדסה באפרת אחראית על פיתוחם של מבני ציבור, שטחים ציבורים ותשתיות ברחבי אפרת.
מחלקת ההנדסה ממונה על מתן היתרי בניה, פיקוח, הרישוי והאכיפה של חוקי  בנייה ורישוי עסקים.