מטה הנוער של אפרת פועל במודל יחודי שבו לכל שכבת גיל יש רכז שכבה בוגר (מבוגר משמעותית ) המלווה את כל בני ובנות השכבה במהלך השנה למשך שלוש שנים.
הרכז יוצר קשר עם כל בני ובנות השכבה, מלווה את המנהיגות השכבתית תומך ומסייע לבני הנוער ביוזמות, רעיונות והצעות לזמן הפנאי שלהם ומהווה עבורם כתובת בוגרת לכל דילמה התייעצות או בעיה במהלך תהליך ההתבגרות.
במהלך השנה כל שכבה בוחרת במה להתמקד, דוגמאות לפרוייקטים שכבתיים: שבתות שכבה, התנדבות, מרכזי למידה חיבור לתוכניות העצמה ומניעה, הכנה לשירות משמעותי, להקות נוער, אמץ יער, תעסוקת נוער בחופשות, הכרת הארץ, חיבור לאירועי קהילה, תקשורת מסייעת ועוד