החברה הכלכלית לאפרת פועלת במגוון תחומים בניהם חיזוק בעלי העסקים באפרת, השקעה בחממה הטכנולוגית "מופת ביהודה", בשיתוף עם המועצות השכנות, השקעה החברת טרנדליינס אגיטק המתמחה בסטארט אפים בתחום החקלאות.