את סמל המועצה המקומית אפרת הגה משה מושקוביץ, מייסד וראש מועצת אפרת הראשון.
מיד עם הקמת המועצה חיפשו סמל לרשות המקומית אשר יבטא את השאיפות לקראת הקמת העיר המתוכננת אפרת.
הסמל הוצג בפני חברי המועצה וקיבל את אישורם והודפס מאז עם מינוי המועצה הראשונה ב- 1979.


הסמל שנבחר הוא תוצאה משילוב כמה רעיונות ומורכב מאלמנטים כדלקמן:
הכיפה בסגנון מזרחי מסמלת את קבר רחל שאנו נמצאים בקירבתו ואת הפסוק "ושבו בנים לגבולם".
לצידו בית מודרני עם גג אדום, הבא לסמל את הבניה החדשה כדוגמת הבתים המוקמים בהתיישבות הכפרית בארץ. תלמים של שדות אפרת ובית לחם ושני עצים נטועים הבאים לסמל את הנטיעה החדשה והרצון להשתרש מחדש באדמת המולדת