מחלקת הגביה באפרת מטפלת בשומות הארנונה למגורים ועסקים על פי השימושים בנכס ולפי גודלם ולפי  תעריפים מאושרים בצווי ארנונה לכל השנה.

המחלקה מטפלת בבקשות הנחה בארנונה בשנת התקציב על פי החוק ועל סמך מסמכים מגורמים מוסדיים שונים (ביטוח לאומי, משרד האוצר) ובבקשות הנחה בארנונה לוועדת הנחות ברשות וזאת על פי קריטריונים של משרד הפנים וחוק ההסדרים.