אפרת פורצת דרך בחינוך בניה ובנותיה ורואה בו ערך מרכזי. 
אגף החינוך בשיתוף מוסדות החינוך נושאים באחריות המוטלת בעיצוב פני הדור הצעיר, ושואפת לנתינת מענה מיטבי לכל תלמידי אפרת. תפקידו המרכזי של האגף הוא להוביל את מערכת החינוך להצלחות והישגים בתחומים הפדגוגיים הדתיים והערכיים.