השירות הפסיכולוגי-חינוכי באפרת הינו אגף מקצועי עצמאי של מחלקת החינוך של המועצה. השירות הפסיכולוגי נותן שירותים למסגרות החינוכיות, להורים ולתלמידים על-פי סל השירותים שנקבע על-ידי משרד החינוך.
צוות הפסיכולוגים נותן שירות למסגרות החינוכיות השונות הכולל:
שירות לכל גני הילדים כולל גני החינוך המיוחד.
שירות לשבעת בתי ספר היסודיים: עשה חיל-כיתות א'-ח', אורות עציון (חטיבה צעירה, בנים ובנות), דרך אבות כיתות ז'-ט', אלומים, וממ"ד בתמר. 
בנוסף, ניתן שירות לכיתות המקדמות במסגרות העל-יסודיות.