הנהלת המועצה אחראית על מתן שירותים מוניציפאלים של כלל גופי המועצה לתושבים ועל הקשר בין השלטון המרכזי לרשות המקומית, ייצוג המועצה כלפי גורמי חוץ (משרדי ממשלה, ארגונים וגופים נוספים) הנהלת המועצה מגבשת את מדיניות המועצה המהווה בסיס לעבודה שוטפת של עובדי ומחלקות המועצה. מדיניות זו מובאת לאישור חברי מליאת המועצה.
הנהלת המועצה בונה תוכנית עבודה מקושרת תקציב רשותית אשר משלבת בין מדיניות מליאת המועצה, החזון של אפרת כבירת עציון, צרכי התושבים, התפתחות היישוב ובין תוכניות מקצועיות שוטפות ורב שנתיות של מחלקות המועצה.
הנהלת המועצה מבקרת ומפקחת אחר העבודה המקצועית של המחלקות וגם אחר מתן השירותים המונציפאלים לתושב, מובילה תהליכים אירגונים רוחביים תוך שימת דגש על למידה והתפתחות של הארגון כארגון מצוין ולומד ושל כל עובד בפני עצמו.